南北和议的召开，对段祺瑞和皖系来说，是政治上的又一次挫败。但潮流所趋，加上国内国际的压力，段祺瑞不便公开反对，同时由于吴佩孚在前线“倒戈”，战事已进行不下去了。段祺瑞也想借和议之机喘息一下，一切留待参战军训练好后再作筹划。不过，对徐世昌、直系和西南军阀的暗中活动，他很警惕。为了确保自己的利益在和议中不受损害，他采取了一个关键的措施，即在北方代表中安插了不少安福系的人。首批代表中，总代表朱启钤为徐世昌所派，直系占二人，皖系占二人，其余五名皆为安福系或附属于安福系的，由吴鼎昌为首，暗中左右，听命于段祺瑞的指挥。
北方代表各自为政，南方代表更为复杂。当时广州军政府有七个总裁，代表着各派系的利益，此外，广东、福建、贵州、四川、陕西、湖南六省的地方势力又各成系统。代表由每省推派，各为其主，无法统辖。
为了对抗直桂联盟，段祺瑞和皖系中的一些人都觉得有必要联络孙中山，与国民党结成同盟。他们认为皖系和国民党有共同的敌人，在这一问题上是可以合作的。因此，在和会期间，段祺瑞先后两次派吴鼎昌和王揖堂去拜会孙中山。这是皖系联合孙中山的第一次试探，但由于孙中山坚持以恢复国会为先决条件，这次试探没有得到结果。