因此一事，明世宗觉得徐阶比严嵩更为称职，对严嵩则觉得不太满意。严嵩当时年已八十多岁，世宗觉得他已老得不中用了。
徐阶见形势有利，就暗中支持御史邹应龙上疏弹劾严嵩父子的不法之事。虽是如此，徐阶仍旧把自己的“倒严”之心藏得很严。因为他深知，严嵩并不是好对付的，只有把自己的意图深深掩藏起来，才可能进一步取得严嵩的信任，从而更有机会扳倒严嵩。所以，等到邹应龙的奏疏呈给皇上之后，徐阶又特地到严嵩府中去拜谒严嵩，对他讲了许多安慰的话，令严嵩倍感贴心。
后来，皇上把严嵩罢免回乡，严嵩去后，徐阶仍是“书问不绝”。
然而事情并未结束，严嵩虽去，却并没有治罪。世宗虽因严世蕃的罪恶罢免了严嵩，却顾念他侍奉自己二十年，赞修玄功的功劳不小，依然对他很怀念。后来蓝道行借扶乩暗做手脚的事败露，世宗大怒，立斩蓝道行，并迁怒邹应龙，斥之为“丑类”。若非徐阶保护，邹应龙的结局也不会很妙。世宗越发有意召回严嵩，徐阶也暗暗自危。
徐阶知道不能坐以待毙，便派御史林润巡视福建。严世蕃虽被流放，却根本不赴戍所反而在江西老家大兴土木，林润便上章弹劾严世蕃不但毫无悔过之心，反而心怀怨望，蓄养壮士，勾结山中盗贼，并且暗通倭寇，有负险谋反之意。世宗看罢大怒，立命林润将严世蕃捉拿进京拷问。