黄巢立即下令，把这些商船上的货物全部收缴充当军费。可以说黄巢是大大发了一笔横财，可是码头的水手和各国的商人们却遭了殃。黄巢无论他们反抗与否，下令全部杀死。
一时间，广州码头的尸体堆积如山，海水都被染成了红色。
据某些学者推测，广州屠城，保守估计十二万人被杀，其中包括回教徒、基督教徒、犹太人及平民。
这件事情造成了极坏的国际影响，唐僖宗闻听大怒，一向自由、开放、和平的唐王朝形象遭到了极大的破坏。
唐僖宗此时恨透了黄巢，从太宗皇帝到现在，唐朝威仪一直广播世界，但是这时却发生了这样的事情。唐僖宗已经下定决心，一定要干掉黄巢这个败类。
黄巢率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州（今广西桂林），恰遇湘江水暴涨，黄巢军便乘数十只大木筏顺流而下，经永州（今湖南零陵）、衡州（今湖南衡阳），攻占了潭州（今湖南长沙）。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。这时黄巢军又得以发展黄巢军此时的人数已经达到了二十万人。
唐僖宗此时派出了淮南节度使高骈，来打击黄巢。广明元年（公元880年）三月，高骈遣其猛将张璘渡江南下。